Jetsun Pema được sinh ra tại Thimphu vào ngày 04 tháng 6 năm 1990, nơi sinh tại bệnh viện Thimphu. Cha cô là Dhondup Gyaltshen quê ở Trashigang và là cháu trai của Trashigang Dzongpon (Thống đốc vùng Trashigang). Dhondup tốt nghiệp trường Cao đẳng Sherubtse, Kanglung và hành nghề phi công trong suốt 22 năm qua. Mẹ cô là Sonam Choki quê quán ở Bumthang Pangtey.

Jetsun là người con thứ 2 trong gia đình có 5 anh chị em. Ngoài Jetsun còn có 2 anh em trai - Thinlay Norbu và Jigme Namgyal cùng 2 chị em gái - chị cả Yeatso Lhamo và em gái Serchen Doma cũng học tập tại Sanawar ở Ấn Độ. Thời mới đi học, Jetsun Pema tới Thimphu và theo học trường Little Dragon (Tiểu Long) và Sunshine School (giai đoạn 1995-1996) sau đó là trường Trung học cơ sở Changangkha (giai đoạn 1997-1998). Sau đó cô học tập trong tu viện Thánh Giuse. Trong thời gian 1999-2000. Cô học phổ thông trung học tại trường Trung học Lungtenzampa ở Thimphu giai đoạn 2001-2005. Sau đó cô chuyển đến Ấn Độ trong khoảng năm 1999–2000. Cô có sở thích hội họa và bóng rổ.[5]